伊吾县位于新疆东北部、天山北麓东段，县境东西长215公里，南北宽175公里，国境线长274公里，总面积19519平方公里。县域地处高寒，群山环抱，最高海拔4888米、最低海拔260米，县城海拔1700米。属温带大陆性干旱气候，东西部气温差异大，最高气温43.5℃、最低气温－40℃。年降水量11.5—200毫米，年蒸发量2000—4378毫米；年无霜期最长175天，最短80天，年平均日照时数2500—3326小时。